El "Jardín de Aclimatación" tiene sus orígenes en una orden de fundación de 17 de agosto de 1788, por parte del rey ilustrado y absoluto Carlos III de España de 17 de agosto de 1788, y también por la cual los científicos recolectores en las colonias españolas del Nuevo Mundo debían de reunir plantas exóticas en este jardín, y después de un periodo de aclimatación, posteriormente trasladarlas a sus jardines reales de Madrid y Aranjuez.
El Jardín de Aclimatación de La Orotava, era pues, tras el Real Jardín Botánico de Madrid, que también poco antes fue fundado por orden del rey Carlos III, el segundo jardín botánico de España.
El proyecto continuó con la búsqueda del emplazamiento más apropiado, donde instalar el jardín, de lo cual se encargó Alonso de Nava y Grimón, VI. Marqués de Villanueva del Prado (1757-1832). El terreno fue un regalo de Don Francisco Bautista de Lugo y Saavedra, Señor de Fuerteventura.
Aunque el rey Carlos III de España murió en 1788, unos pocos meses después del decreto de la fundación, su sucesor Carlos IV de España también era favorable con el proyecto. Así en 1790 empezaron los trabajos según planos del arquitecto Diego Nicholas Eduardo que dispuso zonas de siembra de formas geométricas, terminado el trabajo de diseño en 1791. Y las primeras 35 plántulas se sembraron en 1792.
Pero el intento de aclimatación en su traslado a la península no funcionó, pues el clima del interior de la península Ibérica, es muy diferente del que hay en Tenerife.
